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主人公（勇輝）は、幼い頃に妹（雪羽）を亡くしたショックにより、周囲の女の子達が全て妹の雪羽と同じ顔に見えるという幻覚症状に悩んでいた。病院にいくことにした勇輝は、いもうと中毒症という病名を告げられ、中毒患者専門病院に入院することになる。その病院は元、リゾートホテルを改築した建物で、敷地内には入院患者の学力を低下を招かないようにと、通常の学園のように制服を着て通う院内学園（院内学級）が設けられているという変わった病院だった。治療の甲斐あってか、病院内では不可解な幻覚症状は徐々に治まっていき、早くも一時退院することになった勇輝だったが、自宅に戻った途端また悲しい過去の記憶が蘇り、いもうと中毒症が再発して再入院するという事態に陥ってしまう。そんなある日、勇輝は医師から精神的な救済のためにと三人の少女達を紹介され、ドタバタな入院同居生活がはじまっていく。しかし、彼女達もまた、変わった中毒症状に掛かっている患者達だった。勇輝のことをお兄ちゃんと呼んで本当の妹のように懐いてくる彼女達。初めは治療の目的で入院していた勇輝だったが、三人の少女達と過ごす入院生活が楽しくなってしまい、いつしか退院したくなくなってしまう。はたして、勇輝の病（いもうと中毒症）はどうなってしまうのか？変わった中毒症状をもつ彼女達と、かるくヤバイエッチな入院同居生活を過ごすAVG。

主人公（翼）は、自らの手で理想の乙女を教育し、彼女にしたいという夢をもっていた。その野望を叶えるために、まだ男では珍しい家庭科の先生の教員免許を取得する。しかし、希望している聖バージン女学園には、なかなか採用してもらえないでいた。浪人生活は長く、両親の仕送りをたよりに、一人暮らしをしていた翼だったが、ある時、仕送りができなくなってしまったと母親から言われ、途方にくれてしまう。突然ニートのような生活に終止符をうつことを迫られてしまい、早くどこかへ就職しなければと焦りはじめる。どうしても女学園の先生になりたいという、こだわりが捨てられなかった翼は、なんとか希望している学園に採用してもらえないかと、ひとり悶々と悩んでいたのだった。学力の方には自信があった翼は、考えたくはなかったが、やはり自分が男であることが原因で、女学園に採用されないのではないかと思いはじめる。悩みぬいた末、やってはいけないこととは思っていたけれど、もともと女のような顔立ちをしていた翼は、巧みに女と偽って、私立聖バージン女学園の面接を受けてしまうのだった。誰に男と気づかれることなく、なんとか面接に合格し、新人女性教員として採用されることが決まってしまう。誰にも言えない秘密を抱えることになってしまった翼だったが、ついに念願だった女学園の家庭科専任教師として教壇に立つことができたのだ。理想の乙女を作るために、今、熱血翼先生の指導がはじまる！

あることがきっかけで夢を追うことをあきらめしまった主人公。将来の目標を失ったまま、今は大学に通いながらゲーセンでバイトをするという日々を送っていた。ある日、いつものようにバイトをしていると、クレーンゲームで遊んでいた女の子から、ぬいぐるみを取って欲しいと頼まれ100円玉を渡される。ひなちゃんというその子は、毎日のように遊びに来ているが、1つもぬいぐるみが取れないお客さんだった。快く引き受けた誠は、欲しがっていたクマとキツネのぬいぐるみを取ってあげる。それ以来、ひなちゃんととても親しくなり、いっしょに遊びに来ていた友達のさやかちゃんとも親しくなっていった。誠には、幼い頃からいつもいっしょにいる幼馴染のなつみがいる。妹のような存在のなつみは、最近誠のことを異性として意識するよう変わりはじめている女の子だった。そんななつみの変化に、誠はうすうす気づいてはいたものの、わざと気づかないふりを続けてしまう。ぬいぐるみを身につけた初々しい3人の少女たちと、あたたかい日常を過ごすのなかで、どこか孤独だった誠の心は変化していく…。

大のめがねっ娘好きな主人公（新見）は、メガネフレームのデザイナーを目指している青年。父親の経営する骨董品店を手伝う傍ら、専門学園に通う生活を送っていた。今は学園のイベントとして行われる「めがねビューティー世界選手権」に出場するために、めがねの似合うモデル探しに奮闘している。新見には親しくしている幼馴染（冬美）がいたが、めがねを掛けることが嫌いらしく断られてしまったからだ。そんなある日、冬美からうっかり捨ててしまった大切な物をいっしょに探して欲しいと頼まれ、町外れにあるゴミ集積所へ行くことになる。失くし物は見つからなかったが、そのゴミ捨て場で倒れている少女を見つけ、助ける。「ガラクタから産まれた」と不可解なことを言うその少女は、なぜか自分のことに関する記憶を一切もっていなかった。新見はその不思議な少女をナナと名づけ、記憶が戻るまでの間、そばにいて助けることを決める。ナナもそれを喜び、その日から一つ屋根の下で同棲生活が始まった。事情を話し、めがねをつけて欲しいとナナにお願いしたところ、喜んでモデルになってくれると言う。急速に好意をよせはじめる新見。すると、どういう心境の変化なのか、冬美が「これからめがねをつけて二人を監視する」と言いはじめて…。そこに、めがねを愛好しているもったいない神社の娘（鈴）も絡んできて、新見の生活は一転、めがねっ娘だらけのエキセントリックな同棲三昧の日々となっていく。はたして新見は名誉ある世界選手権で賞を獲得し、世界一のめがねっ娘を誕生させることができるのか？ナナが記憶を取り戻すにつれ、新見は自身が背負っている驚愕の運命を知ることになる。