天才美少女バイオリニスト、フィオナ・レーク亡命作戦の遂行ためにアスラトから共に旅立つGOLのエージェント、コートニー・ジュエル。しかし二人が搭乗したアスラト航空機606便は離陸直後に謎の炎上事故を起こしてしまう。二人の奪還と、同じく606便に搭乗していた大量破壊兵器査察団の保護奪還の為レイチェル・ザイロフ、天城あかり、相沢誠もアスラトへと向かうが、民間軍事企業X・SEEDが立ちはだかる。飛行機事故の混乱に乗じて連れ去られたフィオナと彼女を再び奪還するため奔走するコートニーには凌辱請負人のペルソナ兄弟やバーネン書記長の凌辱の手が伸びる。情報が遮断されインフラ環境も整わず、電脳スペースの支援も望めない窮地で彼らは捕らわれた人々を奪還することが出来るのか。X・SEED幹部が抱くセキュリティへの『復讐』とは？！