天才美少女バイオリニスト、フィオナ・ーレーク亡命作戦の遂行ためにアスラトから共に旅立つGOLのエージェント、コートニー・ジュエル。しかし二人が搭乗したアスラト航空機606便は離陸直後に謎の炎上事故を起こしてしまう。不自然な情報操作とにGOL責任者メセナ・ディノクラフトはセキュリティとの連携のもと、任務の遂行と併せて同じく606便に搭乗していた大量破壊兵器査察団の保護奪還を決定する。他エージェントのレイチェル・ザイロフ、天城あかり、相沢誠もアスラトへと向かうが、アスラト政府にはセキュリティの失墜・壊滅を目論む民間軍事企業X・SEEDが付いていた。破壊兵器の実戦登用とデモンストレーションを兼ね『ドリー』を駆使してセキュリティやGOLメンバーに挑んでくるX・SEED大佐、セーラ・リーディンガーと副官エリザ・キーツ。飛行機事故の混乱に乗じて連れ去られたフィオナと彼女を再び奪還するため奔走するコートニーには凌辱請負人のペルソナ兄弟やバーネン書記長の凌辱の手が伸びる。情報が遮断されインフラ環境も整わず、電脳スペースの支援も望めない窮地で彼らは捕らわれた人々を奪還することが出来るのか。X・SEED幹部が抱くセキュリティへの『復讐』とは？