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主人公・ドミノは9人目の大魔法使いとなりました。しかし、グリモワで暮らす他の大魔法使いたちは魔法を学問ではなく、出世するための道具としてしか見ていません。ドミノはそんな彼らのあり方に嫌気がして、ひとり帝都を離れ、辺境にある1000年以上昔から建つと言われる「黒の塔」に住むことを決意します。しかし他の大魔法使いたちが、そんな勝手を許すはずもありません。彼らはそれを許す条件として、ひとつの課題を持ちかけてきました。「3年間で、一人前の魔法使いを育てること」通常魔法使いになるには、何十年もの修行が必要です。しかも彼が育てることになった二人――アリア・ヴァンクリフとカヤ・シャビエは、魔法院でももてあましていた、一癖も二癖もある女の子たち。「ムチャクチャだ…」果たしてドミノは、この難題をクリアすることが出来るのでしょうか…？

ルリタニア王国で4年に一度行われる賢竜大祭＜グラン・フェスタ＞。その賢竜大祭を数週間後に控え活気に満ち溢れたルリタニア王国の王都で、留学生活2年目を迎える主人公‘九藤晴’（ハル）は、めでたさとは縁遠いギリギリの生活を送っていた。医師になる夢を持ってはいるものの、金のない留学生の身の上、生活費を稼ぐためカフェの給仕や同人誌のベタ塗りアルバイトなどに精を出す毎日。落としそうな単位を友人たちに頼りながら何とかやりくりしていたそんなある日、ハルの元にひとりの少女がやってくる。それは賢竜大祭に招かれて来た、凰国の第8皇女‘珠姫’。「勅命である。――九藤ハル。そなたをこの国における私の特別護衛官に任命する」その一言から変わるすべての日常。賢竜大祭までの数週間――将来を嘱望された若者たちが世界中から集う「ルリタニア王立学院」で巻き起こる、かつてない大騒動。身分を隠しハルの妹として憧れの学園生活を楽しむ珠姫。珠姫に対してライバル心を燃やすルリタニア王国の王女‘ジル’。ルリタニア王立学院学士会リーダーで貴族の元お嬢様‘マリー’。珠姫の護衛として教会から派遣されてきた聖堂騎士‘レン’――。――こうして、賢竜大祭までの期間限定でスタートした珠姫との奇妙な同居生活。4人の女の子と主人公、そしていずれは学院全体を巻き込む大騒動の、これはほんの始まり……。

流されるままに執事となった、主人公マシュー・ハミルト。何事にもやる気のない彼は、行く先々の屋敷で問題を起こし、クビになっていた。ひとことで言うなら、「落ちこぼれ」のダメ執事である。そんなマシューを雇ったのは、没落寸前の貴族・アシュレイ子爵家。前当主の一人娘・ロビネッタが若くしてあとを継いだものの、屋敷の財政は逼迫して、使用人の給金の支払いにもこと欠く有様。それは、マシューがかつて経験した中でも最低の屋敷。埃の溜まった床に錆の浮いた食器、飲んだくれの御者に働かないメイドたち…。呆れ果てたマシューは、この屋敷も長くないなとため息をつく。しかし、マシューはまだ知らない。執事とお嬢さまとメイドたち。彼と彼を巡る少女たちの運命が今、大きく変わり始めたことを―。

過去の記憶、追加された24対目の遺伝子 2008年、東京。 絶大な政治力を背景に超法規的活動を行いながらも、その実態が謎に包まれた研究機関、『古痕』。各分野の傑出した人材が集まるその組織の中でも、一際異彩を放つ研究者がいた。 男の名は津名川宗慈。 遺伝子工学に長け、ヒトゲノムの解析とプログラム、そしてそれらを応用した戦闘用アンドロイドの研究を行っていた。彼の知識の深さと鮮烈さは、まるで『はじめから答えを知っている』かのようである。そしてその研究段階で作り出された三人の少女達は、追加された24対目の遺伝子から『エクストラ』と呼ばれた。 エマ、沙友、透花と名づけられた少女達。人の手によって作り出された、限りなく人に近く、しかし人とはかけ離れた存在。津名川を慕い、彼の研究に協力するエクストラ。それなりに穏やな時を過ごしていた彼と彼女達の日常は、研究所に侵入してきた戦闘用ロボットとの戦いを機に変化していく。―――それぞれの思惑、そして深まりゆく謎――― エクストラの兵器としての性能を知り、暗躍を始める軍部。独自の正義に基づいて動く、公安のナンバーレスエージェント『荒山鳥人』。津名川にライバル意識を燃やすもう一人のエクストラ開発者『高宮エレン』。そして交錯する人々の思惑の中で深まり行く謎…『オリジン』、『古痕』、『バベル』……。 さまざまな事件を乗り越え、徐々に明らかになっていく計画の全容とそれぞれの真の目的。そしてエクストラに関わる人間達の悲しい過去。 行き場の無い幾多の軋轢がドミノのように加速し、物語は、すべてを巻き込みながら終焉へと昇りつめていく……。