主人公・ドミノは9人目の大魔法使いとなりました。しかし、グリモワで暮らす他の大魔法使いたちは魔法を学問ではなく、出世するための道具としてしか見ていません。ドミノはそんな彼らのあり方に嫌気がして、ひとり帝都を離れ、辺境にある1000年以上昔から建つと言われる「黒の塔」に住むことを決意します。しかし他の大魔法使いたちが、そんな勝手を許すはずもありません。彼らはそれを許す条件として、ひとつの課題を持ちかけてきました。「3年間で、一人前の魔法使いを育てること」通常魔法使いになるには、何十年もの修行が必要です。しかも彼が育てることになった二人――アリア・ヴァンクリフとカヤ・シャビエは、魔法院でももてあましていた、一癖も二癖もある女の子たち。「ムチャクチャだ…」果たしてドミノは、この難題をクリアすることが出来るのでしょうか…？