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予備校生の主人公は、これまでの人生において、とにかく運がない。大学受験を控えたある日、主人公のアパートを尋ねてきた巫女服姿の幼馴染で従妹の真納水那由華から、いきなり余命を宣告されるのだった。その理由を聞けば、生まれながらの超霊媒体質の主人公は、災厄を引き寄せてしまう不思議（不幸）な力があるらしく、これまでは、なんとか「幸運」によって命を永らえてきたものの、その幸運も限界に……、それを知った彼女は「巫女養成専門学校」で習得（通信教育）した技の数々で主人公の命を守ろうとやってきたというのだ。あまりにも現実離れしていることから、その話を信じらない主人公だったが、久しぶりに会った彼女が可愛かったこともあって、彼女に守ってもらうことを快く承諾し、共同生活を始めるのだったが……。

念願かなって大学生になった生田政和（主人公）は、夏休みを利用して生まれ故郷の神社に住み込みのバイトにやってきた。しかし、バイト先の日扇神社は、「悪霊神社」と恐れられる悪名高き神社だった。しかもバイトの初日に神主が除霊中の事故で入院してしまい、唯一の男手である政和が日扇神社を切り盛りすることになってしまった。政和は、幼馴染の新米巫女・真納水那由華、おっとりマイペースなお姉さん巫女・日扇御守、そして、ドイツからやってきた謎の魔法巫女・イングリッドの三名からなる即席巫女軍団を結成し、問答無用で襲い来る悪霊達と壮絶なバトルを繰り広げるのだったが……。