念願かなって大学生になった生田政和（主人公）は、夏休みを利用して生まれ故郷の神社に住み込みのバイトにやってきた。しかし、バイト先の日扇神社は、「悪霊神社」と恐れられる悪名高き神社だった。しかもバイトの初日に神主が除霊中の事故で入院してしまい、唯一の男手である政和が日扇神社を切り盛りすることになってしまった。政和は、幼馴染の新米巫女・真納水那由華、おっとりマイペースなお姉さん巫女・日扇御守、そして、ドイツからやってきた謎の魔法巫女・イングリッドの三名からなる即席巫女軍団を結成し、問答無用で襲い来る悪霊達と壮絶なバトルを繰り広げるのだったが……。