ヒッポカムポス機能不全およびBDNF発達障害。通称、自殺病。簡単に言ってしまえば自殺する可能性が高くなる病気。壁川学園は、この病を発症もしくは発病前の学園生達を集めた、全寮制の学園。学園生達は夏休みの間、実家に帰ることが許されているのだけれど……。新型咽頭結膜熱に感染してしまった当麻進は、病気から回復後も体内にウイルスが残っている可能性がある、という理由で2週間の外出禁止を命じられてしまう。当麻進と同じ理由で学園に残ることになったのは、同室で人妻好きの三田舜。スコップを振り回す狭霧紫穂。生物部長の水名りね。会長の鹿島ユウリ。それと、遊びに来ていて感染の疑いありと判断された妹の当麻姫佳。合計6人。女の子4人には、普通の学園生より成長が遅い、という特徴があって……。2週間の外出禁止期間を学園内でそれなりに楽しく過ごしていた6人だが、ある日の夜、停電が発生。停電の理由を探している中で、学園から教師も寮監も保健の先生もカウンセラーも、6人以外の全員が消えていることに気付く。しかも、電気だけじゃなくて、ガスも水道も停止。6人は壁川学園の隣にある、壁川町へ出かけるが、そこで見たものは、誰もいない廃墟と化した街だった。いったいここで何がおこっているんだろう？どうしてこんな場所に自分達は取り残されたんだろう？調べていく中で少しづつわかっていく世界の秘密。自殺病の本当の意味。重力の異常。狂っていく時間。幼いことの本当の意味。夏休みの学園で見つけた、世界の終わり。少しも嘘なんかじゃない、本当の世界の終わり。そして、世界の終わりを許さない、少年と少女達の物語。