現実世界の練馬区に程よく似た練マ区にある、ごくごく普通の教育機関『練馬学園』。当たり前に多くの部活が活動している中、一般生徒からは奇異の目で見られる部活が存在した。---その名も『練マ愛好会』ショタッ気の強い弱気な少年、星見台（ホシミ・ウテナ）は、頭数合わせのため強引に愛好会へと入部させられていた。それ以外は、普通の学園生活を送っていた。が、近所に落ちた流星を発見してから、彼は宇宙人との争いに巻き込まれることとなる。流星の落下地点で宇宙人の女スパイと遭遇した台は、ひょんなことから彼女を自分の中に吸収してしまう。それからというもの、彼の中の女スパイを取り返そうとする宇宙人から狙われることとなる。そんな彼を救うのは、一風変わってはいるが普通の少女だと思っていた愛好会のメンバーたちだった。