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嵐で揺れる船上で逃げ惑っている主人公。人身売買組織に拉致されて洋上を運搬されるところを、激しい嵐のどさくさに紛れて逃げ出したのであった。「こんなところで死んでたまるかーーーっっ！！」男たちの手を逃れて、荒れ狂う海に飛び込む主人公。あっという間に波間に消える主人公の姿に、船の乗組員たちは「まず助かるまい」と噂する。この海域ではしばしば「男」が行方不明になるらしいのだ。 主人公が海に飛び込んでからどれほどの時間がたったであろうか？奇跡的に一命を取り留めた主人公が目を覚ますとそこは海岸。 「俺は…生きている？」 見ればかわいい女の子が自分を見下ろしている。言葉は通じるらしい。 会話すると、主人公を不思議がる。 体を触ってくる。胸がないのは何故？そしてコレは何？とチンコをニギニギしてくる。照れる様子もなく、ただ不思議がって。 ああ、これが極楽浄土なんだと主人公はハァハァしながら思うが、そうこうしていると占い師がやってきて長老のところにつれてこいと言う。 『やはり伝説は本当であった』 老婆はどうやら女の子達の親？責任者？みたいなものらしい。集まってくる女の子達に、老婆は言う。『言い伝え通り、我ら島と海を守る巫女のもとに神の使者が現れた』 おおー！と恐れおののく女の子たち。 この集団の集落に案内される内、ここが小さな島であり、男子という存在が無いことを知る。 海と自然が生み出す生活のすべてがこの島には存在していたが、ナニが不足していた。 丁寧なもてなしを受け、この女性集団は遙か昔から島を守っている存在だと知る。老婆は主人公含む巫女達の前で語る。 この島では、世代交代の時期を迎え‘巫女たちが年頃になると’神の使者が現れて、新たな生命を与えてくれるという言い伝えの元、長年にわたって島と海を守ってきた。 そういうわけで神の使者よ、頑張って巫女たちに子を授けておくれ。 海と島を守るため、我々は子孫を残さなければならない。すべては神のご意志により決められること。そしてそれが今このとき。 巫女たちは男という存在を知らない。性も知らない。すべて教えてやっておくれ。

……あの日、契約先の個人宅で、偶然『隠されたファイル』を見てしまうまでは。自分のすぐ傍らで明るく微笑んでいる人妻が、夫でもない人間に抱かれ、恥ずべき痴態を晒している……そんな信じられないような動画データ。他人の生々しい性生活を、それも見知った男と女の背徳的な行為を目の当たりにしたとき、彼の中で何かが目覚める。そう、彼は決して満ち足りてなどいなかった。ずっとずっと飢え、求め続けていた。ただ、そのことに自分で気がつかなかっただけ。芽生え始めた‘どす黒い欲望’は、住人たちを密かに監視するという行為に変化していく……。その日を境に、彼を取り巻く環境は激変する。高級マンションに暮らす、清楚で美しい人妻達……しかしその誰もが、決して人に言えない裏の顔を持っている。ベールを一枚一枚脱ぎ捨てるように真実が目の前にさらけ出されていく程に、奇妙で狂ったこの空間に取り込まれて、彼の人格は徐々に崩壊してゆく……。

ある日、歴史ある旧家、鷹栖（たかす）家の前に一人の青年が立った。 その青年、主人公『今神夾耶（いまがみ・きょうや）』は、10年前までは母と一緒にこの館に住んでいたのだが、鷹栖家当主『兼光（かねみつ）』に理不尽な仕打ちを受け、母ともども追い出された身の上だ。 追い出された後、貧困の中で母は死んだ。 夾耶は自分たちをこんな境遇に追いこんだ鷹栖家への復讐を誓い、舞い戻ってきたのである。 復讐すべき当人、兼光はすでにこの世になかったが、息子『聖斗（まさと）』その妹『琴乃（ことの）』、聖斗の婚約者『碧月（みずき）』、メイドの『美緒（みお）』、兼光の後妻『小夜子（さよこ）』といった人間たちがまだ残っていた。 夾耶の復讐心は彼らに向けられる。 鷹栖家と、鷹栖家につながるものすべてをおとしめ、腐らせてしまうのだ。 夾耶は、表向き人当たりのいい善人を装い、裏で女性たちを一人、また一人と籠絡し、自分のものにしてゆく……。

目の前の古い……いや、なにやら味わい深い建物を見上げて、俺は大きく息をついた。数日前届いた叔母からの手紙――「怪我をしてしまったので、私が退院するまで、代わりに2週間ほど下宿の管理人をお願いネ」明るく書かれた叔母の手紙。気楽なフリーター生活を満喫していた俺は、もちろん面倒なことはごめんだ。じゃぁ、そんな俺が何故こんなところに立っているのかというと―「追伸。今下宿しているのは、みんな若くてかわいい女の子たちばかりです。」ぬっ！？「普段から男手が足りず、頼りになる男の人を、全員が待っていることでしょう。」……し、仕方ない！お世話になったおばさんが困っているのを助けない訳にはいかない！こうして俺は、おばの下宿の代理管理人としてやってきた――わけだが…テレビ越しの情報でしか見たことの無いような-古き良き下町風情-な建物…だがっ！問題なのは外見ではなく中身！そう！住んでいる女の子のほうがオレにとっては意味がある。これから2週間にわたる薔薇色の生活が始まる！！

現実世界の練馬区に程よく似た練マ区にある、ごくごく普通の教育機関『練馬学園』。当たり前に多くの部活が活動している中、一般生徒からは奇異の目で見られる部活が存在した。---その名も『練マ愛好会』ショタッ気の強い弱気な少年、星見台（ホシミ・ウテナ）は、頭数合わせのため強引に愛好会へと入部させられていた。それ以外は、普通の学園生活を送っていた。が、近所に落ちた流星を発見してから、彼は宇宙人との争いに巻き込まれることとなる。流星の落下地点で宇宙人の女スパイと遭遇した台は、ひょんなことから彼女を自分の中に吸収してしまう。それからというもの、彼の中の女スパイを取り返そうとする宇宙人から狙われることとなる。そんな彼を救うのは、一風変わってはいるが普通の少女だと思っていた愛好会のメンバーたちだった。