真鈴ヶ崎の町にある『池添薬品工場』で起こった事件が、本作の物語の中心。主人公である小笠瑠璃は真鈴ヶ崎純真学園の学生。ある日、学校からの帰り道、見たこともない虫（蟲）が池添薬品工場に入っていくのを見てしまう。新種の蟲かもしれないと探索に乗り出す瑠璃だが、忍び込んだ先の薬品工場は、異形の蟲が徘徊する危険な空間だった……。