私立薊学園では、最近学校に出没する幽霊が噂になっていた。そんな学生達の噂を聞き付けた新聞部員の「英田柾」は、同じ新聞部の「神目楓」に真相を探る様に言われ、渋々調査をしていた。そんなある日、あるきかっけから過去の時間に存在する少女「美甘櫻」と話すことが出来るようになった主人公。しかし、その少女は現在には既に存在しなかった。彼女は過去、何者かによって殺されていたのだ。主人公は少女を救うため、彼女の過去を変えようと努力するが、そんなおり校内で一大勢力となりつつある『心療クラブ』というサークルが、アロマテラピーを用いて女子学生になにやら怪しいことをさせているという文書が流れてくる。どうやらすべての事象は櫻のいる過去に繋がっている様なのだが……。二人は時を超え協力し事件を解決しようとする……。彼らに待っている未来は、アカルイミライ？それとも……