物語の時代は現代。しかしながら舞台となる寂れた温泉街は数十年前の日本の姿を濃厚に留め、訪れる者にまるで時間の流れから取り残されたかのような印象すら与えます。そんな片田舎の村で、住民が次々に神隠しに遭うという事件が勃発します。しかし、警察の捜査は一向に進まず、たびたび起こる怪奇現象によってさらに被害が増すばかり。事態を重く見た神社の退魔部隊は、事件解決のために3人の神職者を派遣しました。妖怪共存派、妖怪撲滅派、そしてこの凸凹コンビの監視＆調整役…。こんな水と油のような面々が、協力体制を築けるわけがありません。こんな状態で、果たして事件を解決することが出来るのでしょうか…？