どこにでもあるような田舎町、羽佐間町。この街の学校に通う長尾修は、友人の綾部美耶、悪友の御厨隆、先輩の高階穂乃香の三人とともに、文芸部、通称、謎部に所属していた。ある日のこと、彼ら文芸部は、下級生、境由真から兄を調べて欲しいと依頼を受ける。そして彼らの前に現れる美しい転校生、緒方葉月を交え、事件は奇怪な方向へと進んでいく。謎めいた旧校舎、学校の裏山の神社跡、学校の周りにたむろする浮浪者。前世からの因縁、古代から報われぬ思い。そしてもう一人の転校生。糸は絡まり、もつれ合う。やがて奇怪な怪物『それ』が、姿を現したとき…。「いずれこの地は、幽冥となる」