学園戦国戦争――それは諸国の学園が数十に分裂し、独立・自立を標榜して凌ぎを削る乱世！その中でも突出した勢力を誇る5校は「五雄藩」と呼ばれ、群雄割拠の世においてひと際恐れられる存在だった。その五雄藩が狙っているのが主人公が通う「皇学園」だ。かつては全学園を統治する最強校であったが、現在は乱世に揉まれてその威光を失していた。しかし、いまだ豊富な資金力と、この地に眠るあるアイテムを手にせんと、五雄藩は皇学園に決断を迫っていた。各々が「我が配下に加われ」と――。実力校であった皇学園の学園総裁・‘美龍’は度重なるバトルで重体になり倒れる寸前だった。そんな時、とある理由で皇学園へと転校してきた主人公と出会い、身体を重ねてしまう。すると死ぬ直前であった身体は回復し、死を免れた美龍は主人公が‘日のエレメント’を持つ適格者であることを看破する。五雄藩のいずれかと同盟を結び、学園戦国時代を終結させて欲しい――美龍の望みを受託した主人公は五雄藩のいずれかと同盟を結び、群雄割拠の学園戦国時代に終止符を打つべく……立ち上がれるのか！？