「彼女はちょっと変わっていて、誰よりも真っ白い心をもっていた――」少し前は田舎で、今は急速に発展した科学研究が盛んな街――長浜研究学園都市。5年前に家族を事故で亡くした大学生、椋木悠斗はこの街で母親と二人暮しをしていた。幼馴染の真央や、後輩の心音。街の何でも屋の式澤と助手の笹原。 そしてお世話になってるバイト先の店長さん――。科学で溢れた街は都会とは違う空気を持ち、どこかせわしなくも暖かい。そんな変わらない日々に、一人の少女が訪れた。どこまでも無垢な白い少女。ユキ。死んだ父親に関係があるらしい少女との出会い。そうして悠斗は、幾つかの事件に遭遇し過去の真実を知ることになる――。