時は現代に近い近未来。いまなお続く少子化問題の解決策として、一方の性別にとらわれず、その時々の相手や状況に応じてどちらの役割にもなれる人間を増やそうという計画が持ち上がる。調査の結果、サンプルとして木更津ほのかをはじめとする数名が研究施設に預けられ、遺伝子の採取と効率のよい生殖手段の研究が進められることになった。研究者のひとりである小暮静香は、ほのかの専属として彼女の両方の生殖器を刺激・改造し、やがて自らも同様の機能をもつふたなりと化して、ふたりの関係をさらに過激なものにしていくのだった。