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両親の愛に恵まれず、冷めた人間になってしまった主人公が、突然、双子の姉妹、一葉と双葉の保護者となって一つ屋根の下で暮らし始める。姉妹は、主人公宅の隣家に住んでいたこともあって、かつては「お兄ちゃん」と慕っていたはずが、久しぶりに再会した主人公への態度は余所余所しいものだった。主人公は、そんな姉妹との関係改善に努めながら、昔のような思いやりのある心を取り戻していく。

主人公・狭山孝介は、何処にも居るようなごく普通の学生。だが両親の仕事柄、転勤が多い為に、●学生の頃から幾度となく引越を余儀なくされ、その為に親友と言えるような友達は多くなかった。引越先でのいくつもの出会いと、その後に待っている辛い別れを繰り返すうちに、孝介は一人で居る事を好むようになる。それが、孝介にとって一番苦しまずにすむ選択だった。両親は忙しくて家にいない事が多い上に友達が少ないという環境の中で孝介をずっと支えてきたのは、「無能ちゃん」と呼ばれる人工人格プログラムだった。そして二年前・・・・引越が多くなる前にずっと暮らしていた場所、港の丘町に孝介は再び戻って来た。他の土地での暮らしと同じく一人で居る事を好んでいた孝介。そんな彼に、何かと世話を焼く少女・成田香澄。また、兄と慕ってくる無邪気な従妹の斐川奈美。初めはそんな状況を煙たがっていた孝介だが徐々に打ち解けていき、他の土地よりも長い時間滞在していた事もあって、今ではずっと昔から居たかのように溶け込んでいた。そして3度目の春を間近に控えたその日、春に引っ越さねばならない事を告げられる孝介。風が柔らかくなり始めた季節に、この物語は始まる。

物語はそろそろ秋も終わりに近づき、いよいよ寒さも本格的になってきたころに始まる。いつも通り日常を過ごす主人公。だがしかし、主人公の気づかないうちに何かが起きていた。発端は学院の生徒の一人が、魂の抜け殻のようになって発見された事に始まる。医師にも原因不明としか判断できず、心臓などの器官は正常に動きながら、一切の知的・反射的反応を示さないその様は、まさしく『抜け殻』というより他に無かった。この出来事は、学院にちょっとした恐怖とほのかな興奮、そして大いなる好奇心を巻き起こした。そんな出来事とは関係なく、主人公はいつものように適当に時を過ごし、天気のいい日の昼休みは屋上に寝転がり、興味の無い授業は寝て過ごした。だがそんな主人公の元にも異変は訪れた。以前から会えばケンカばかりの腐れ縁、『黒川龍也』の豹変であった。それまで辛くも龍也に全戦全勝だった主人公は、ある日突然人間とは思えない『力』を手に入れた龍也に叩きのめされ、まったく手も足も出なかった。命の危険すら感じるほどだった。主人公はこの時初めて自分に負け続けていた龍也の暗い執念を知り、その日から主人公の世界は変わり始めた。日に日に『抜け殻』は増え続け、主人公も目の当たりにするようになり、そして主人公の気を許す教師である『新条巴』や『大石力也』の謎めいた行動。理事長や教頭の不審な動き。事件に巻き込まれていくうち、主人公は理事長や教頭達の、愚かながらも危険な計画を知る。その計画に龍也が利用されている事も……。関われば危険な道。だがすでに片足を突っ込んでいた主人公は、仲間達と共に逃げずに立ち向かう。その先に何があるかも知らずに……。

甲斐正晴（主人公）は、悪友の一己から誘われ苦手なスキーに行くことになった。このスキーツアーには、密かに想いを寄せている幼馴染でクラスメイトの七瀬夕季も参加していることもあり、なんとか自分の想いを伝え、交際が出来れば…と思っていた。一己もまた、正晴がテニス部でペアを組んでいる清水美紀にご執心で、彼女もこのツアーに参加することが決まっていた。さらに、そのスキーツアーの話を聞いていたクラスメイトの新居和乃と小林麻衣、物理教師の深谷理香までもが参加を表明。結局、男2人女4人の大所帯での旅行になってしまったが…。

主人公・木崎は有名商社の一線で働くビジネスマン。営業部の部長であり、部内では面倒見の良いデキル上司として部下にも慕われる存在だ。つい数ヶ月も部下二人の社内結婚で、周りを唸らせる名スピーチを披露し、部内での株を上げたばかりだ。そんな表の顔とは違うもう一つの顔を彼は持っていた。他人の物も自分の物にしたがるという強欲さだった。結婚した部下、吉野英・望を表面上祝っていた木崎だがその内心は軽く憎しみをおぼえるような気持ちだった。新婦となった望は部の中でも一二を争うような美貌と男なら誰もが目を奪われるような肉体の持ち主で、木崎も例外ではなくいつかは手に入れてやるという気持ちで望を見続けてきたのだ。