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『若本五郎（わかもとごろう）』は大学教授。務める大学は一流だが、何事も大雑把で面倒くさがりの五郎はその中では落ちこぼれだった。講義は適当、研究は他人任せ、無断欠勤多数など、問題を数え上げればキリがない。それでもこうして五郎が今の地位にいられるのは、元々五郎が無能なわけではなく、ひとたびやる気になればその研究意欲と成果は目を瞠るものがあるということを現理事が知っていて、五郎を気に入っているからだった。そして『立川勝也（たちかわかつや）』という有能な助手に支えられているのも、その要因の一つである。そのワイルドながらどこか愛嬌のある風貌と大雑把な性格が学生の人気を集めているということも関係あるかもしれない。だが、当然ながら五郎の存在に納得できない人物もいた。五郎と同じく考古学の研究を行う女教授、『畑山実路（はたやまみゆき）』もその一人だ。いや、むしろアンチ五郎派の最たる人物とも言える。実路はことあるごとに難癖をつけ、五郎をうんざりさせていた。実路の目には、五郎はただのいいかげんな人間としか映っていないのである。そんなある日、実路は五郎の大学内における実態をレポートにまとめ、提出した。五郎を大学から追い出すためだ。レポートは会議の場で取り上げられ、教授達の間で問題となった。そのことによって話は理事会でも持ち上がり、こうなっては理事長も庇いきれず、五郎の進退問題にまで発展した。結果、一定期間内に新たな研究とその成果を発表できなければ、大学を追放になることが決定した。五郎は「冗談じゃねえ」と頭を抱えたが、決定事項である以上、なにはともあれ結果を出さなければどうしようもない。勝也の手を借り、すぐさま大学の資料室を漁り始めた。生活がかかっていることが幸いしたのか、久しぶりに五郎の灰色の脳細胞は活性化を始め、膨大な資料の中から気になる記述を見つけ出した。それは、ある男が二つの不思議な玉を使って潮の満ち干きを操ったという伝承だった。しかし、五郎はこの伝承とよく似た話を知っていて、その話は宮崎県の伝承だ。─なぜこんな離れた島に、宮崎県に存在するものとそっくりな伝承が…？長らく沸き起こらなかった研究意欲がこみ上げる五郎。その脳裏には、今まで自分を見下していた実路の悔しそうな顔が描き出されていた─。

物語はそろそろ秋も終わりに近づき、いよいよ寒さも本格的になってきたころに始まる。いつも通り日常を過ごす主人公。だがしかし、主人公の気づかないうちに何かが起きていた。発端は学院の生徒の一人が、魂の抜け殻のようになって発見された事に始まる。医師にも原因不明としか判断できず、心臓などの器官は正常に動きながら、一切の知的・反射的反応を示さないその様は、まさしく『抜け殻』というより他に無かった。この出来事は、学院にちょっとした恐怖とほのかな興奮、そして大いなる好奇心を巻き起こした。そんな出来事とは関係なく、主人公はいつものように適当に時を過ごし、天気のいい日の昼休みは屋上に寝転がり、興味の無い授業は寝て過ごした。だがそんな主人公の元にも異変は訪れた。以前から会えばケンカばかりの腐れ縁、『黒川龍也』の豹変であった。それまで辛くも龍也に全戦全勝だった主人公は、ある日突然人間とは思えない『力』を手に入れた龍也に叩きのめされ、まったく手も足も出なかった。命の危険すら感じるほどだった。主人公はこの時初めて自分に負け続けていた龍也の暗い執念を知り、その日から主人公の世界は変わり始めた。日に日に『抜け殻』は増え続け、主人公も目の当たりにするようになり、そして主人公の気を許す教師である『新条巴』や『大石力也』の謎めいた行動。理事長や教頭の不審な動き。事件に巻き込まれていくうち、主人公は理事長や教頭達の、愚かながらも危険な計画を知る。その計画に龍也が利用されている事も……。関われば危険な道。だがすでに片足を突っ込んでいた主人公は、仲間達と共に逃げずに立ち向かう。その先に何があるかも知らずに……。

冴えない学生である主人公の彰人は、社会見学の一環として企画された豪華客船旅行に同学園の学生達と乗り込んでいた。そこへ突然現れたテロリスト達。彼らは、主人公に『見所がある』と囁き、協力者に仕立て上げる。ひょんなことからリーダーであるシルバーに気に入られた彰人は、テロリストの手先となって動くことになる。彼らに協力していく過程で、同じ学園の女生徒や乗客、女性船員等を襲っていくのだった。