人間に敵対する知的生命体――、それがメギンだ。そのメギンが起こす事件を対処するエージェントを育成する、国連が設立した国際機関――まほろば国際防衛学校があった。この国際防衛学校で学ぶためには、各地に64箇所ある付属校に入学し、そこで優秀な成績を修めて卒業し、推薦されなければならない。その付属校の一つ、桃源学園に、臨時講師として招かれた主人公は、18歳の若さながらメギンハンターのスペシャリストとして活躍する国連軍中尉の肩書きを持っていた。教え子たちは皆、同年代であり、非常にやり辛い環境ではあるが、問題ない。彼は、人間を殺戮するモンスターを討伐するスペシャリストなのだ。実戦を知らない小娘たちごときにペースを乱されるはずもない…、はずだったが…。