私立アレア学園は、100年近い伝統を誇るお嬢様学校。美しい煉瓦造りの寄宿舎では、明日の乙女を背負って立つ少女達が『清廉・潔白・博愛精神』の校訓のもと、青春の数年間を艶やかに過ごしてゆく。男子禁制、純粋培養、アレア学園は世知辛い世の中から隔離された乙女の園である。特に現在この学園を運営する女性理事長の代になってからは、彼女の理想とする聖母のような清らかな女性を育ててゆくという、ある種ピューリタン的な方針が貫かれていた。 だが、しかし。時代錯誤とも言える学園の運営方針は生徒数の減少を招き、経営難に陥ってしまう。債権者の取引銀行は、学園の経営立て直しのためにある選択を理事長に迫る。『学園の共学化』それに伴う、前時代的な校則の改正など、現代的な学校として生まれ変わることを要求された学園は岐路に立たされる。そんな中、生徒たちはこれに断固反対する保守派と共学化を望む革新派に割れ、穏やかな学園内の空気は失われる。この状況を憂慮した理事長は、アレア学園の伝統でもある『生徒の自主性』に事を委ねる事にしたのである。そう、アレアの事はアレアの生徒自身が決める。共学化の是非を問う投票が数週間後に開催される事となった。しかし、債権者の顔も立てねばならない。その為に共学化のテストケースとして、無作為抽出方式によって近所の学校から適当な一人の男子生徒が学園に送り込まれる。それが、主人公。突如現れた異分子たる主人公に、学園の乙女たちは戸惑う。だが彼女たち以上に困惑しているのは他でもない主人公自身であった。様々な思惑が交錯する中、運命の投票日は近づいてくる――主人公はさまざまなキャラクターたちと出会い、思いのままに行動していく。その行動が、学園の運命を、そして主人公を含めた登場人物達の未来までもを決定づけることになるとは、このとき誰も想像できなかった。