ヨシュア（主人公/名前変更可能）が、「人形の館」にやってきたのは、人形職人の父親の遺した少女人形リニアを完成させるためだった。そこの親方の下で修行をしながら、二年の月日を費やし、ようやくリニアを完成させる。しかし、目覚めたリニアは魂が不完全なため‘感情’がなく、何事にも無関心だった。ヨシュアは、館に住まう他の人形たちに助けて貰いながら、リニアに‘心’を教え込んでいく。その甲斐もあって、リニアは、徐々に人間らしい感情を見せ始める。そんな幸福な日々を過ごすヨシュアたちの前に、人形を憎悪する謎の男が現れ…。