現代より少し先の未来。主人公・鷲宮 天斗は両親とも仕事でほとんど家にいないため、一軒家で一人暮らしをしている。隣に住む幼馴染の日向 あかねや悪友の剣崎 修一郎たちと平凡ながらも楽しい学園生活を送っていた。そんなある日、主人公の家に一つの宅配便が届く。まるで棺桶のような大きさの箱の宅配便。送り主は両親。仕方なくそれを受け取った主人公が箱を開けると、なんと中には裸の女の子が眠るように入っていたのだ。人間！？ などと思っていると一枚の紙が入っていることに気がつく。『彼女とともに真実を解き明かしてほしい』……まるでサスペンスの謎かけのような文章に慌てふためく天斗。そうこうしている間に眠っていた彼女が目を覚まし……。こうして彼の運命が大きく動き始める。