人里離れた山中に建つ、全寮制の名門校『聖エステラ学院』。堀に囲まれ、閉鎖された学園内の情報はほとんど外界に漏れることが無く、その全貌は謎に包まれている。数十年前、とある事件で学園の大勢の命が奪われた。以降、この学園では時折学園生が行方不明になる現象とともに、学園の学園生の中に不思議な力を持った『魔女』が現れるようになった。厳しい規律に縛られ、希望の持てない日々を送る学園の学園生たちに恐怖と憧れを持って学園生たちの間で語られる『魔女』の噂。落伍者たちは隔離され、その後どうなったのか知る者はいない。春から夏、季節の変わり目の時期に、この聖エステラ学院に孤児院で育った少年、犬上勇稀人（いぬがみゆきと）が転入してくる。勇稀人が出会う、葛藤を抱え、この世ならざる力さえ望む少女たち。彼女たちに宿る力は、果たして噂される『魔女』の力なのか？少女と魔女を巡る、謎と欲望に満ちた物語の幕が開く――。