舞台は徳川が数代にわたり世を治めた時代。人々の身近に魔という魑魅魍魎が蔓延っていた世の往時の物語である。闇の中で他者を呪い、容赦なく人に襲いかかってくる悪しき魔。そんな魑魅魍魎と人知れず戦う乙女達がいた。それらをくノ一という。魔に対する破魔の力を有する彼女達は、闇に紛れて魔を狩り、人の世の舞台裏で治世を保っていた。本作のヒロイン「霜月小夜」は、くノ一のひとりである。魔を狩るため、単身で魔の巣窟に足を踏み入れた小夜は、思わぬ返り討ちに遭い、囚われてしまった――