転校を機にオタクを卒業しようとする主人公、冬馬壮一郎。しかし、義理の妹の琴未の策略により、アキハバラにある私立アキハバラ学園に転校する事になる。そこは主人公よりさらに濃い様々なオタクが集まる学園だった。校内ではメイドが案内してくれ、学園長は等身大フィギアを抱いている。そして主人公は美少女ゲームシナリオコースに編入が決まってしまう。同じく転校してきた麻里子はオタク嫌いのふつうの女の子で、何かと主人公に絡んでくる担任は子供のような容姿のなみ先生。案の定クラスメイトはオタクだらけ。主人公はとまどいつつも学園生活を始めるのだった。