20XX年、地球規模の大災害で絶滅に瀕した人類。だが、その生き残りの中から「エターナル」と呼ばれる超人たちが誕生する。彼らは神々の武器「エレメント」を駆使して世界の覇権をめぐり争いを繰り返していた。主人公・九鬼悠樹（くかみゆうき）は「エレメント」ハンターである。無人島に眠る「エレメント」の情報を手に入れた彼は、同じく「エレメント」を狙う美少女たちが待ち受ける神凪島へと向かったのであった…