山奥にそびえ立つ大きな時計塔のある全寮制学園に新入生としてやってきた主人公。しかし、初登校の日にいきなりトラブルに巻き込まれ、学園の入り口にある高価そうな像を壊してしまう。学園長から、弁償の代わりにしばらく働けと指示された主人公は、トラブルの原因となった一人の男子学生と共に特殊事案調査分室に配属されることに。大きな地下図書館の奥にある分室の部屋に行ってみると、そこには無関心な様子で一人の少女が待っていた。わけもわからないまま、ふたりは少女から告げられる。この学園では、本物の魔術が生きているのだと。時計塔の鐘の音と共に、学園には夜の世界が現れ、校舎と一体化するのであると。分室の仕事は、学園で起こるあらゆる魔術的な問題を解決すること。こうして主人公たちは、様々な遺品（ミスト）に翻弄されながらも学園のために奔走することになるのだが―。特集： ユニゾンシフト特集