世界征服を目論む組織『デスブランド』。そしてその目論見を阻止しようとする正義の組織『ジャスティア』。二つの組織は『一般人を戦闘に巻き込まない』といった戦闘の決まり事をまとめた『戦闘協定』を結び、日々戦い続けていた。だがある日、戦いとは無縁の学生『辻谷孝志』と『南倉久美』は、『デスヒート』と呼ばれるデスブランドの支部の一つに連れ去られてしまう。デスヒートは劣勢に立たされた現状を打破するため、一般市民に改造手術を施して戦力にするという戦闘協定を無視した卑劣な作戦を実行に移したのだった。幸いにもジャスティアの魔法少女『エイレーネ』によって救出された二人ではあったが、時既に遅く、孝志は『怪人』に、久美は『魔法少女』に、改造を施されていた。人間に戻して欲しいと頼む二人だったが、元に戻るにはデスブランドに訴えて非を認めさせ、元に戻す手術をしてもらうしかないと説明される。更にはエイレーネが、クラスメイトの『秋月綾音』である事、そして彼女もまたデスブランドに連れ去られて改造を受けたと、本人から説明される。デスブランドが内部調査を行い、デスヒートが協定違反を犯している事実を掴むまで、約二週間必要となる。だがデスヒートも必死に妨害し、更には二人に洗脳手術を施そうとしてくる。「アイツ等は……絶対に許さない」二人は自分の身を守るため、そしてこれ以上悲劇を繰り返さないため、戦う事を決意する。果たして彼等は人間に戻れるのか――