映画館からの帰り道、稔は怪しい男に襲われかける。必死に抵抗していると、稔の前に喋るカエルが突然現れた。カエロッタと名乗るカエルの力で、魔法少女に変身して男を撃退する稔。怪しい男の正体は、天にある魔法界から逃げ出した人間の魂・ガイストだった。カエロッタの命令で、ガイスト達の浄化を強制される稔。「契約は完了したケロ。残念だけど、君には拒否権はないケロ」そう言われてしまい、仕方なく稔は魔法少女……もとい『まにょっこ』としての戦いの日々を過ごすことになってしまう。激しくなる戦いの中、友人の恭や転校生の夏輝をも巻き込んでいき……。