「千年もの間続く、聖痕騎士団と大天使教団の戦いに巻き込まれる」聖痕。その不思議な文様が体に浮かび上がる人間は、特殊な力を身に宿す。新任教師として聖クリスティナ女学院で教鞭を振るう主人公・雪輪成深（ゆきわ・なるみ）。彼の右肩には紋様のような不思議な痣があった。幼い頃に浮かび上がって以来、身の回りには立て続けに不幸な事件が置き始めたため、彼にとっては、呪いの烙印のように思える。だがその痣は、世界にとって重要な意味を持つ者の印だった。グラン・クロワの聖痕。聖痕によって特殊な能力を身につけた人間の中でも、特に強大な力を持つと言われる「騎士」を育てることができる唯一の聖痕。その印を持っていたために、彼はこれまでに無いほど大きな事件に巻き込まれることになる。聖痕を持つ者の力を使い、世界を支配し‘楽園’を作り出そうとする「大天使教団」。聖痕を持つ者の力によって、教団の野望を阻止しようと立ち向かう「聖痕騎士団」。聖痕騎士団の一員となった成深に課された使命は、3人の少女騎士を育て上げ、教団の野望を打ち砕くこと。千年の昔より歴史の闇で繰り広げられてきた戦いは、今、新しい局面を迎えることになる。