親が海外に転勤する関係で、親の知人である日下部家に居候としてやってくることになった主人公「神坂小次郎」。しかし、その家族はみんな忍者だった。不安ととまどいの中、学園生活が始まり、しか〜も、学園も忍者だらけであった！日本中から送り込まれてくるご当地忍者達。彼らのねらいはなんなのか？忍者VS忍者の闘いが、今はじまろうとしている。