時は幕末。主人公・惣一は、剣の師匠である霧と二人で旅を続けていた。表向きの旅の目的は、惣一の剣の修行。惣修行と称して町道場を転々としながら、二人はとある人物を探していた。二人の本当の旅の目的は、霧の養父を殺した仇を探し出すこと。探し出して、養父の無念を晴らすことだった。二人は旅の途中、江戸付近の港町・御津鍬（みつくわ）藩に立ち寄る。ならず者に絡まれていたところを助けた縁から、茜とさくらに腕を見込まれて人探しを頼まれる。行方不明になったさくらの父親を探して欲しい。行方不明になる前に、最近町に出回っている妙な麻薬を調べていたから、事件に巻き込まれてしまったのかもしれない。はじめは渋ったものの、食事と宿を提供してくれるという条件に惹かれて了承してしまう。そうして二人は、茜の家『胡桃屋』に滞在しながらさくらの父親を探すことになった。調査するうち、神隠し・阿片・城代家老の不穏な動き……と、次第に単なる人探しではすまない事件であると気付き始める。更に探索を続けていく過程で浮かび上がってくる、ルッソという謎の外国人の名前。そして辿りついた、全ての黒幕である男、神崎――――それこそが、二人の追い求めていた仇の名だった……。