ミエルとイリスがアザゼルの魔手から脱出してからのち、アザゼルは天界への報復として、手始めに人間界にその魔手を伸ばし始めた。「闇の使徒」として生まれ変わり圧倒的な力を誇るカノンと、その部下となったザビエラの前にミエルとイリスは傷つき、絶体絶命のピンチに陥る。純聖天使同士の戦いの中で魔力がぶつかり合い、その魔力が暴走した時、光の奔流の中から現れた一人の魔法少女。「わたしはシエル……最後の純聖天使プリミティ・シエル」それは天界より使われし最後の純聖天使の姿だった……。