妖魔を退き、人の世を守るための退魔の巫女を養成するための学校、巫女学園。主人公はそこの教官で、この度、落ちこぼれの3人組の指導を担当することになった。 目標は中間試験での3人を学年平均点以上に押し上げること。主人公はこれにボーナルが絡むためにはりきるが、女の子は皆、個性の強い者ばかり。主人公は先行きに不安を覚えつつ、彼女たちを教え導く。