人類が核の破壊力をいやと言うほど味わった『The Third』と呼ばれた世界大戦の後…。『The Third』により流出した生物兵器の遺伝子は、残留放射能の作用により、『妖獣』を生み出す…。人間の身体を媒体に繁殖する『妖獣』は、壊滅状態からの再興に力を尽くす人類にとって大きな災厄となっていた。-A.D.2048-人類は妖獣に対抗する切札として、バイオソルジャーを投入した特殊警察『A.S.S.P.』を組織した。民間人のはずの俺が、新設されたA.S.S.P.の戦闘隊長に抜擢された事は、なりゆきとしか言いようがなかった。超人的な戦闘能力を持つバイオソルジャー達の指揮をまかされたものの、彼女たちは精神的には虚弱で、戦いの重圧に喘いでいた。日増しに知能を上げて戦略的な攻撃をしかけてくる妖獣…。愚かな人類に、地球は見切りをつけたのだろうか？ソフィアポリスから妖獣を撃退したものの、人類と妖獣の、存亡をかけた戦いが終ったわけではない。A.S.S.P.に与えられた次の任務は、ソフィアポリスの外にある妖獣の拠点を壊滅させ、妖獣を弱体化する事…。『妖獣掃討作戦』その発動の時がせまっている…。