“萌萌教”は、特定のコスチュームを神聖視する新興宗教団体の総称だ。当初はあまりにもオタク的であり、見事なまでに胡散臭いその宗教に入信する者などいないと思われていたが、不思議と信者は増加の一途を辿り、いつしか都内各所に主要六派の大聖堂が建設されるまでになった。そして現在、帝都23区にネコミミを崇める「ネコミミ教」、メガネを崇拝する「メガネ教」、ボンデージに傾倒する「ボンデージ教」、さらに「スク水」、「巫女さん」、「メイド」等…それぞれの萌えの対象の異なる教派が割拠し、互いに反目し合うようになっていた。プレイヤーは“萌神”から天恵を受けた“神大聖悟（主人公）”となり、「ネコミミ教」か「メガネ教」、いずれかの教祖になって他教派を一蹴し、帝都制覇を目指すことになる。果して帝都制覇を達成することは出来るのか…！？