エレンとシズカの手により、破壊されたかにみえた月面遺跡。しかし不死身の身体をもつ怪物を倒すにはいたらなかった。救助隊の面々も攻撃を受けるが、なんとか脱出に成功。しかし、帰還した月面基地は度重なる月震で半壊していたのだった。刻一刻と機能を失っていくさなか、警報が鳴り響く。『侵入者発見』という警報が…。月面基地の異常事態に、気を失ったままのエレン。しかも事態収拾のため、新たに宇宙軍から部隊がやってくる。しかも、隊長は豊満な肉体を持つシルビア少佐で、その部下も内心は出世欲を持っているアッシュ、無個性をコンプレックスに感じほかの2人に憧れているシーナと、ひとくせあるメンバーばかりだ。果たして、無事に地球へ戻ることができるのか！？