あの事件から数年。浪人生の秋俊は、都会に出てきて予備校通いをしていた。何か大事なことを忘れてしまったような気がしていて、モヤモヤとした毎日を送っている。そのため成績も今ひとつ。そんなある日、秋俊は予備校からの帰り道で化け物と戦う奇妙な格好をした少女を目撃する。その光景にデジャヴを感じ、立ちつくす秋俊。そうこうするうちに化け物を倒した少女は、秋俊が居ることに気付いて驚いた。戦いに際し、人間が入って来れないよう周囲に結界を張っていたからだ。さらには記憶操作の魔法も効かない秋俊に対して、少女「リン」のとった行動は意外なものだった。秋俊と同居するというのだ。こうして、秋俊とリンの奇妙な共同生活が始まった――。特集： 魔法少女アイ2