長く続いた戦乱の世が明け、戦の気配も感じられなくなった時代。長きに渡る太平に、街は栄え、人々は毎日の平安を享受していた。だが、世に悪徳の種は尽きまじ……。繁栄するここ「EDO」の街では、二つの盗賊団がその版図を広げつつあった。一方は「緒上党」。悪徳商人や悪代官を襲い、貧乏人に分け与える「義賊」。もう一方は「戦神党」。善も悪も関係なく、殺し盗み犯すという「盗賊」。二つの盗賊団によって、EDOの治安は乱れ、人々は眠れぬ夜を送っていた。この事態を憂慮した幕府は、独自の指揮系統と大きな権限を持つ「特警」を新たに設立。EDO市中に蔓延る賊を取り締まるため、日夜働き続けるのだった。その特警に主人公「桂木恭介」が、同心として新たに配属される事になる。これが、EDOを騒がせる一大捕り物劇の始まりであった……。