最先端の仮想空間技術で「ネット授業」を試験的に行う「南陵学園」に通う男子‘秋人（主人公・名前変更可）’は、Webを徘徊し、怪しいデータやプログラムの収拾を趣味とするネットオタク。しかし、そんな趣味に少々飽きてきた＆女の子にも興味が出てきた年頃の彼は、そんなネット漬けの日々から足を洗おうかと考えていた。そんなある日、彼は一つのプログラムを見つける。それは、現実世界の女の子のデータを入力すると、仮想空間で二人っきりの甘い世界を満喫できる「ハーレムシミュレーター」。早速データを収集し、シミュレーターを起動。現実世界と比べ、彼女との仲が急速に接近していった。現実世界へ戻り、学園へと行った主人公は、シミュレーターで仲良くなった女の子との距離が、現実世界でも反映されていることに気が付き……。