同人サークル「ぽいずん」のPCゲーム、「巫女神さま」がモーションアニメ化！！夏休みも目前に迫った日のこと、小依は退魔師の母親に本堂に呼び出され、ある村から受けた科学と理論、法と秩序が進んだ時代、神様や妖怪は神話や伝承、はたまた御伽話やオカルトとして扱われていた。しかし、世には裏で暗躍する悪い妖怪達が蔓延り、人の世の生活を日々脅かしている。そんな悪い妖怪達を退治する人を‘退魔師’と呼んだ。