使徒もネルフもない平和な日本で惣流アスカラングレーは毎日不思議な夢を見続けていた。そんなある日、使徒が東京を襲う。死んだと思ったアスカだが、いつも夢に見ていた世界・・・エヴァに乗り使徒と闘う世界で目を覚ます。同じく世界を移動してきたシンジと共にエヴァのパイロットとしての日々が始まる。二人は生き残り、元の世界に戻ることができるのか？