式部沙希は、ごくごく普通のどこにでもいる男子学生。誰もが振り返る美少女的な外見を除いては…行方不明の母の手がかりを求め、学園島へと転校してきた沙希だったが、訪れた学園島では、満月の夜毎、空に浮かび上がる‘さかさまのチャペル’によって生み出される＜影＞とさまざまな怪事件に悩まされていた！当たり前のように事件に巻き込まれる沙希は、＜影＞と対峙したことで魔法少女へと覚醒する！その能力にとまどう沙希だったが、沙希を学園へと招いた恩師より、行方不明になっている自分の母親が実は魔法少女だったという事実を知らされ、母の代理として魔法少女を引き継ぐことに。こうして、パニック全開の「魔法少女」としての生活が幕を開ける！！「僕、オトコのコなんですけどね☆」