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風ヶ原学園に通う主人公・有馬杏一郎は、奇妙な部活に所属していた。その名はスパイ部。部室棟の一角を占拠して活動を繰り広げる、非公認団体である。統率力抜群の部長。幼なじみのハッカー少女。三度の飯より機械いじりの好きな後輩。猪突猛進な元体操部のエース。各分野のエキスパートたちの力を結集して、スパイ部は日々数々のミッションをこなす。そんななか、学園には‘‘ゴーストドッグ’’を名乗る怪人が現れる。数々の悪戯を仕掛け、学園を混乱に陥れるこの怪人の正体を探るため、スパイ部はミッションを開始する。だがその裏には、彼らと反目しあう生徒会執行部の影があった――