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‘シロハネ編’ストーリー物語は、セロが白銀の村へココを連れて行く旅に、友達のワカバとその弟ライトが同行するところから始まります。セロの目的はココのメンテナンスですが、同行するワカバは勢いでエントリーしてしまった演劇祭のため、脚本を書きながら各地で役者を探そうと画策中。それはいわくつきの悲劇『天使の導き』と全く正反対のハッピーエンド版で、史上最大の逆賊と名高いアインが『実は良い人だった！』というトンデモな内容。そんな代物だけに、「役者すら見つからないのでは？」と不安を抱えながらも、偶然か運命か、主役にふさわしいアンジェリナやベルを見つけて大はしゃぎ。果たして、ワカバたちは無事にアンジェリナたちを仲間に入れて、劇を成功させることができるのでしょうか？‘クロハネ編’ストーリーふかふかのベッドで目覚めたココは、そこが自分の知らない部屋であることにビックリ。どうしてこんなところに居るのか知るために部屋を出て探検を始めれば、どうやらお城の中のようです。そのうちココは迷子になってしまい、廊下で誰かが来るのを待ってみます。……と、そこに現れたのは白いドレスに身を包んだキレイなお姫様・クリスティナと、白い羽根の人形・エファでした。その後ココは、お城に居る色々な人たちとお話をします。そして自分が人形であり、クリスティナやエファと共に『天使の羽ばたき』という劇をすることなどを知ります。やがて、お姫様やエファと練習を重ねた『天使の羽ばたき』のリハーサルを迎えますが――この劇には、誰もが予想しない……大きな陰謀が隠されていたのでした。

三年前に両親を亡くして以来、義妹の小春（こはる）と二人で生活してきた主人公、速水夏樹（はやみなつき）。大学三年目にして、卒業に必要な単位はほぼ取り終えた夏樹は、残された時間を少し自由に使ってみようと決心する。そんなある日、夏樹は学園時代の恩師、柊日向（ひいらぎひなた）と再会する。彼女は今では教職を離れ、実家である喫茶店を営んでいた。それは恩返しか、胸に残る初恋の残滓か、人手不足の喫茶店にバイトを申し出た夏樹であったが、いつの間にやら彼は住み込みで働くことになってしまう。そんな夏樹の行動を戸惑いながらも見守る義妹と学友たち。都会から、少しだけ離れた静かな街で、物語は動き始める。

ひなたぼっこ、各キャラクターたちの、それぞれの後日談！・柊姉妹の顛末記（日向ルートのその後）・氷と水と（氷ルートのその後）・静馬……姉様！？（静馬ルートのその後）・月乃、来襲（小春ルートのその後）ルートに寄っては本編に無かった複数ヒロインとのシーンも！？本編中では語られなかったエピソードや、新キャラも登場。

学生会会長によって復活した厳しい校則により、窮屈な生活を送る主人公たち。そんな厳しい校則から逃れる方法が一つ…「こ〜そくシステム」校則を変えようという男女がペアとなり一定期間の生活を共にしながら、学生会より出される試練を乗り越えるのだ。さて、衣食住が完全共同になる苦境（？）を見事にクリアし主人公、そしてペアになった女の子は校則を変える事が出来るのか？