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「睦月（むつき）学園」――その学園の生徒である卯花弥生（うのはな・やよい）は信じられないモノを目にしていた。クラスメイトの鮫島悠姫（さめじま・ゆうき）が大きな生き物と交わっていたところを目撃してしまう。信じられないような大きな生き物――普段見せることのない顔で喘ぐ悠姫の姿――そんな異質な状況に呑まれ見入ってしまう弥生。絶頂を迎えた悠姫の声に正気を取り戻した弥生はその場から逃げだしてしまう。後日、悠姫に声をかけられる弥生。見られていたことに気づいていたという悠姫は協力してほしいと話を持ちかける。自分と同じように「特殊愛玩動物」の相手になってくれないかと……。

「私立如月（きさらぎ）学園」――その学園の新任教師である「椚久隆（くぬぎひさたか）」は生物教師でありながら、虫の生態について研究していた。独自に品種改良を行い巨大な個体などを作ることに成功しており、次のステップに進む為にデータを集めに日々勤しんでいた。そんなある日…。その虫の研究を学園長の孫娘である「如月（きさらぎ）かごめ」に見られてしまう。研究を失うきっかけになりかねない人物に知られてしまった椚は、口封じをするために虫を使いかごめを犯す。泣き叫ぼうとも助けは来ず、虫によって処女を散らされたあげく、脅され研究に協力するように強いられるかごめ……。逃げ場を失った彼女に待ち受ける未来とは？

物語の舞台、備波市は都市内にあった5つの学園を統合して巨大学園都市として整備された街である。各地に様々な学術施設が建設され、国家をリードする人材の育成が期待されていた。しかし、計画は頓挫しかかっていた。本来、学園を円滑に運営するために旧学園の教師間で連携を深めたものがクリーク（派閥）であり、そのまとめ役が教頭であった。学園都市全体を統括する立場としては、「学園統合局」が旧学園長や市長を中心に設立され、運営・管理体制が確立されるはずだった。だが、教頭たちは自己の権力維持のために保身に走り、「学園統合局」内では、政治的な駆け引きが行われた。「誰が何人優秀な学生を送り込んだか」。結果として学園にはキャパシティを大きく越える学生が溢れかえることとなった。旧学園教頭の1人「天ヶ瀬彫」。彼はこのことによる教育の質の低下を憂い、教育環境の保護を目的に、施設を無理矢理占領してしまった。図らずもこの事件をきっかけに、他の教頭たちも互いに争い始めるようになり、今では争いが日常化してしまっている。新任教頭「黒川和泉」。学園内を治外法権化しているため警察による介入が行えない「学園統合局」。彼らは市長の推薦により、黒川を送り込むことで事態を収拾しようと試みる。果たして、この混沌とした学園に秩序を取り戻すのは誰か。

不慮の事故で入院することになった主人公は、病院で様々な女性達と出会う。誰からも好かれる白衣の天使、天才といわれる外科医、ケガを克服した令嬢、陸上界期待のランナー、そして長い闘病生活の末元気になりつつある少女…。幸せに溢れているように見える彼女達。だが、それぞれが悩みを抱え、乗り越えなければならない壁があるのだった…。

荒れた花園に新たな種を植え、栄えさせていく育成シミュレーション。花園には3人の花の精がいて、彼女達と仲良くなり花を育てていくことで力を溜め、外の世界でのイベントも発生する。3人以外にも甘えん坊の妹や花屋の女主人、同級生の女の子なども登場。外の世界を見て人間に興味を持つ花の精、そして花の精に人間にはないものを見出していく主人公。二人の間にはどのような結末が…。