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ある日の放課後。いつものように図書室で読書に耽っていたクロは、はからずも、姉・静が校舎屋上から飛び降りるという、思いもよらない出来事に遭遇してしまう。 奇跡的に軽傷で済んだ静だったが、あくまでも事故だと言い張る彼女を不審に思いながらも、無事であったことを幼なじみの瑠璃と共に喜び、クロは深く追求しないでいた。 数日後、静も退院してこれで日常が戻ってきたと思っていた矢先に、クラスメイトの若葉から、事件の真相を聞かされるクロ。 曰く、「その時、静は怪しげな男達と戦っていた」というものだった――― クロには不老不死の元となる霊薬＜変若水＞が宿っており、静がそれを狙う男達と闘って、結果的にあの事件が引き起こされてしまった。そんな想定外の事実に動揺を隠せないクロだったが、守ってくれた静の為、そして賛同してくれた仲間達と共に混迷した闘いの中に身を投じていくことになる。

「たいせつな人に遺したいものはありますか？」小さな海辺の町、日生（ひなせ）。そこに、ある約束を交わした幼い少年と少女がいた。強い絆で結ばれたふたりは同じ未来を見つめ、明日がくることを疑わなかった。3月14日。運命の日。少年は自らの想いを伝えようと、少女を海に誘っていた。だが不慮の事故により、幼なじみだったふたりは想いを言葉にすることなく死別してしまう。それから年月が経ち、少年は少女との思い出が残る土地で今日を生きていた。忘れられない人、でも忘れなくてはいけない人。主人公・天宮誠（あまみやまこと）は、私立八潮学園の2年生。誠は近所のレンタルビデオショップでアルバイトをするかたわら、同じ学園に通い始めたひとつ下の妹・雫（しずく）と平穏な毎日を送っていた。そんなある日、誠はひとりの不思議な少女と出逢う。琥珀（こはく）と名乗った少女はその手に巨大な鎌を持ち、瞳には深い碧を宿していた。「あなたには、私の姿が見えるの？」周りの人間は、琥珀の存在に気づかない。気づくことができない。「そう。あなたも、もうすぐ死ぬのね」少女は、死神だった。

秋色の山中に怪事件の究明に来た探偵・紅矢は沐浴中の美少女『沙生』と『姫織』に出会う。しかし、期せずして巫女である2人の裸を見てしまった紅矢は神社の掟によりどちらかを娶らなくてはならなくなり――山奥で暮らす大和撫子な巫女姉妹との恋愛劇と、それに交差していく『謎の手』を発端とした猟奇事件の真相解明。紅矢が辿り着く先には一体何が待ち受けているのだろうか――