主人公・久瀬渡はある日、裏山の泉で水浴びをする女神5人を見つけて見蕩れる。主人公に驚く女神たちだが、彼女らの危機を助けたことから信頼を得ることに。そして女神は人間に助けられた時はその願いを一つ叶えなければいけない、という決まりを告げる。彼女もおらず寂しい生活の主人公は、思わず結婚して一緒に過ごしたいと言ってしまう。これを聞いた女神たちは、地上に留まるためには子作りが必要と言い、その望みを叶えてあげる事に！
ココロとカラダが入れ替わっちゃった！あの娘（こ）のヒミツも俺のヒミツも全部だだ漏れ！？ここは『コミュニケーション研究会』。そんなたいそうな名称をつけているが、ただ仲のいい友達が集うしゃべり場。今日も何気のない話題で盛り上がっていた。その話題の中のひとつのお話。「もしも、俺がお前の体と入れ替わったら面白いよな」なんていうたわいもない話で盛り上がっていた。そして話題も尽きて帰ろうとしたときに、何かが通り過ぎた気がした。そして翌日。なにかがおかしい。体がおかしい。どうも俺の体じゃ無い気がする…じゃなくて体がマジでちがう！あの時『コミュニケーション研究会』に居たメンバー全員が互いにココロとカラダが入れ替わっていた！神さまの気まぐれか悪魔のいたずらか…ひょんなことからココロとカラダが入れ替わる日常に投げ込まれた俺たちの将来はどうなるの！
母親の悲劇的な死を目撃した主人公は、一つの言葉を託された。――「フィルを集めなさい……」。そして、この女性は自分の実の母では無かった。明かされた事実に驚愕する主人公は己の数奇な宿命を知ることになる。遠縁の親戚に引き取られた主人公の前に一人の少女が現れる。――「この世が壊れようとしています……アヴァタールよ」。少女は「黒死評議会」が主人公の抹殺を決定したと、告げた。なぜなら主人公が「この世を破滅に導く」からだという。――「私は抹殺に反対し、評議会から離反してまいりました。一刻も早く、フィルを……」。主人公を守るため現世界へと姿を現した従者を名乗る少女は、主人公に身も心も尽くすことを盟約する。そして前任ヴァレートの娘であることを主人公に明かすのだった。そして少女は、いますぐに、事象の狭間=アドミニストからの逃亡を示唆するのだった。アヴァタールとその従者の、並列事象世界の旅が、いま始まる――。世界を破滅に導く「アヴァタール」として、謎の組織「黒死評議会」に追われる身となった主人公。その側につき従う「ヴァレート」の少女‘ルミカ=レム=アーデルハイド’。二人による多次元踏破の逃亡劇が始まる！活劇あり、謎解きあり、様々な次元世界のヒロインとのラブロマンス満載！
寮生の学校『涼華学園』に通う主人公は、2年生になり、学園生活にもずいぶん慣れてきました。ある日、転校してきた女の子（香澄）に一目ぼれをします。しかし、奥手な主人公は、話をすることさえ出来ません。そんな、情け無い主人公に幼馴染で同じクラスになった南はこの学校にある、秘密の同好会『恋愛同好会』にはいることを勧めます。『恋愛同好会』とは、恋するものの背中をそっと押してあげる同好会なのです。主人公は、早速その同好会に入るのですが、一目ぼれの相手も香澄も「昔振られた人に最近再会して、また告白したいが勇気が出ない」との理由により、同好会に入ってきます。主人公は、うれしいやら香澄に好きな人がいて悲しいやらですが、擬似恋愛を通して、恋愛のいろはを学んでいくのでした。
舞台は冬も始まったばかりの望美ヶ丘の街。そこに構える一つのケーキ屋『ひよこ館』。主人公はそのひよこ館の長男で、昔はよく父親の手伝いをして一緒にお店を盛り上げていました。ですが、とある理由により2年前から親元を離れ、ひとり学園生活を過ごしていた翔一に、父親から「腰をやっちまった。ひよこ館を頼む」という一本の電話が。元々父親だけで回していたので、ひよこ館はとんでもない窮地に陥ってしまったのです翔一は学園を休学させられて、ひよこ館に戻ってくることになりました。そして父親の代わりにケーキ職人――パティシエとして働き始めます。そこで主人公を迎えたのは――久しぶりに出会う幼馴染み。父親の代わりに働いていた先輩パティシエール――女性ケーキ職人。新しく出来たライバル店、ショコラ・ル・オールの娘。そして謎の猫魔法使い。ケーキ屋が一番忙しくなるクリスマスを目前に、翔一の新しく懐かしい生活が始まります。
