「魔法天使ミサキ」の事件から1年後。物語は記憶を失った青年が気が付くところから始まる。免許証を頼りに、自分の名前と書いてある住所を頼りに和泉市に到着する青年‘赤穂敬一’。敬一はひょんなことから‘かのん’達と知り合うが、その矢先にデスパイア「ジェネラル」が現れ敬一は攻撃されてしまう。敬一の体内から現れる2つのクリスタル。かのん達にジェネラルの魔の手が及んだ時、「2つのクリスタル」がかのん達と共鳴して……。デスパイアに狙われる記憶喪失の青年、敬一。そして何も分からないままデスパイアとの戦いに赴くかのん達。それぞれの居場所を模索しながら、少女達は再び凌辱の渦へと巻き込まれていく……。
華やかな文化祭が催されていた風音学園。学生達が思い思いの出し物を用意し、それらを本校の学生や、他校の学生、一般人らが入り混じり、例年通りの盛り上がりを見せていた。しかし、突如として起こったアクシデントによって文化祭は中断を余儀なくされ、全校集会が開かれた。その最中、学園生活に不満を持つ学生らと学園執行部の面々が、銃を手に学園を占拠…、それが抵抗するものは射殺され、女子学生らは凌辱される、悪夢の始まりであった。
平凡な日常を繰り返していたある日、不意におきた地震によって学園に閉じこめられた主人公たち。初めのうちは脱出すべく行動していたが、一人、また一人と行方不明者がでてくる。そして見つかった女性たちは、陵辱された姿で発見される。さらに食料をめぐる対立もかさなって、次第に正気をむしばんでいった。その先には、疑心から対立、そして陵辱劇へと連鎖していく。閉鎖された学園でたどっていく運命は…。
梗嶺学園に通う橘つばめは、生徒会の副会長を務めるほどの優等生。そんな彼女は生徒会長・天草時継に密かに想いを寄せていたが、時継自身は、彼女の双子の妹・紗雪に告白し、恋人同士になってしまうのだった。昔から紗雪に憎しみを抱いていたつばめにとって、それは屈辱でしかなかった。嫉妬に狂ったつばめは、同級生の男子を使って紗雪を凌辱させようと企むが…。
風音学園学生ゲリラ事件。事件に巻き込まれた生存者のほぼすべてが凌辱されると恐ろしい事件の後、風音学園に通っていた学生達の一部は転校していった。そして舞台は水都学園という進学校へと移る。武士が所持しているノートパソコンの中に、ゲリラ事件で成美が輪姦されている画像が発見される。武士の友人である金田も見てしまった。金田はこの画像を使って成美を脅迫する事を考えつく…。
